بالإضافة إلى اختصاصاته في ميدان تصفية الحسابات والبت فيها، يمارس المجلس الجهوي وظيفة قضائية اتجاه كل شخص يباشر – من غير أن يكون مؤهلا لذلك من لدن السلطة المختصة – عمليات تحصيل الموارد ودفع النفقات وحيازة واستعمال أموال أو قيم في ملك الأجهزة العمومية، أو يقوم بدون أن يتوفر على صفة محاسب عمومي بعمليات تتعلق بأموال أو بقيم ليست في ملك الأجهزة العمومية، ولكن المحاسب العمومي هو المختص وحده بإنجازها وفقا للقوانين والأنظمة الجاري بها العمل.

ويحيل وكيل الملك إلى المجلس الجهوي العمليات التي قد تشكل تسييرا بحكم الواقع وذلك إما من تلقاء نفسه أو بطلب من وزير الداخلية أو الوزير المكلف بالمالية أو الممثل القانوني للجماعة المحلية أو المحاسب العمومي.

وإذا صرح المجلس الجهوي بأن شخصا ما محاسبا بحكم الواقع، أمره في نفس الحكم بتقديم حسابه داخل أجل لا يقل عن شهرين. وتجدر الإشارة كذلك أن تصفية الحسابات المقدمة من طرف المحاسبين بحم الواقع وكذا البت فيها تخضع لنفس المسطرة المطبقة على المحاسبين الحقيقيين. غير أنه يمكن الحكم على المحاسب بحكم الواقع ؛ إذا لم يكن موضوع متابعة جنائية ؛ بغرامة تقدر باعتبار أهمية ومدة حيازة أو استعمال الأموال والقيم دون أن يتجاوز مبلغها مجموع المبالغ التي تمت حيازتها أو استعمالها بصفة غير قانونية.

يمارس المجلس الجهوي وظيفة قضائية في ميدان التأديب المتعلق بالميزانية والشؤون المالية اتجاه كل مسؤول أو موظف أو عون تابع للجماعات المحلية وهيئاتها والمؤسسات العمومية الخاضعة لوصايتها. وترفع القضايا إلى المجلس الجهوي من طرف وكيل الملك من تلقاء نفسه أو بطلب من رئيس المجلس الجهوي. ويمكن لوزير الداخلية والوزير المكلف بالمالية رفع القضايا إلى المجلس الجهوي بواسطة وكيل الملك وبناء على تقارير الرقابة أو التفتيش مشفوعة بالوثائق المثبتة.

وعلى غرار المجلس الأعلى للحسابات، ولضبط المسؤوليات أكثر، فإن المخالفات المتعلقة بقواعد تنفيذ المداخيل والنفقات أو بتسيير الأملاك العامة تم إفرادها على صعيد المتدخلين الأساسيين الثلاثة في مسلسل تنفيذ العمليات المالية العمومية. ويتعلق الأمر بالأمرين بالصرف والمراقبين والمحاسبين. ويمكن أن يصل مبلغ الغرامة في أقصى حده إلى ما يعادل أجرة سنوية صافية كاملة عن كل مخالفة. أما مجموع مبالغ الغرامات فيمكن أن يصل إلى ما يساوي أربع سنوات من الأجرة الصافية للمعني.

وإضافة إلى الغرامات التي يمكن أن تفرضها المجالس الجهوية على الأشخاص المدانين، يمكن لها الأمر باسترداد المبالغ التي تصرح بأنها مستحقة لفائدة الأجهزة العمومية المعنية.

ولقد نظم المشرع العلاقات القائمة بين التأديب المتعلق بالميزانية والشؤون المالية والمتابعات الجنائية والتأديبية.

يراقب المجلس الجهوي استخدام الأموال العمومية التي تتلقاها المقاولات والجمعيات وكل الأجهزة الأخرى التي تستفيد من مساهمة في رأسمالها أو من مساعدة من طرف جماعة محلية أو هيئة أو من أي جهاز آخر خاضع لرقابتها.

وتهدف هذه المراقبة إلى التأكد من مدى مطابقة استخدام الأموال العمومية التي تم تلقيها للأهداف المتوخاة من وراء المساهمة أو المساعدة.

يراقب المجلس الجهوي للحسابات تسيير الأجهزة العمومية التي تدخل في دائرة اختصاصاته وذلك من أجل تقييمه من حيث الكيف والإدلاء عند الاقتضاء، باقتراحات حول الوسائل الكفيلة بتحسين طرقه والزيادة في فعاليته ومردوديته. ويؤهل المجلس الجهوي كذلك للقيام بمهام تقييم مشاريع الأجهزة الخاضعة لرقابته.

واستنادا إلى مدونة المحكم المالية فإن الخاضعين لمراقبة التسيير الممارسة من طرف المجلس الجهوي هم الجماعات المحلية وهيئاتها والمقاولات والشركات والمؤسسات العمومية الخاضعة لوصايتها وكذا المقاولات المخولة الامتياز في مرفق عام محلي أو المعهود إليها بتسييره.

ولتقوية دور المجلس الجهوي للحسابات فيما يتعلق بتقديم المساعدة والإرشاد، خول المشرع لوزير الداخلية أو الوزير المكلف بالمالية في أن يطلب من إدراج قضية تهم تسيير الأجهزة الخاضعة لمراقبته ضمن البنامج السنوي لأشغاله.